张居正以一个儒者的身份而掌握政权，军事自然不是他平时所熟练的；但是生在乱世，内忧外患交加而来，想要打算做到安定国家攘除外患的功业，当然非整顿军纪经略武备不能解决。当时的名将如戚继光、俞大猷等，虽然也久经沙场，熟悉军事；但是终究都是作战的将才，只是能足以帮助冲锋陷阵罢了。至于攻守的方略，进退的时机，自然仍要有待于中央政府的指示。而张居正以最高统帅的资格，擅长做像刘邦领导将领的方法；对于那些将领，为了重用教导而严格审核，规模一律同他在行政上对于官僚的做法，而整齐严肃，而且超过了。《行实》曾经有如下的记述：
       以往将领的权力不重，功过赏罚不严，又或者要求苛刻使人不能发挥能力。凡有罪应当询问，就用武官来充当。人们看将士容易得到，将士们也因此自我看轻，不能重新振作起来了。现在皇上审定庙算，给予督府一切便宜从事的权力，不经常更换，时时拿出印玺、金钱、绮绣相慰劳。有宏大谋略又素负重望的人已多次打败敌人就被召回，不想令他竭尽心力。每三年 ......

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