一、这部书以学术价值为前提。不满足于“言必有据”、“无一字无出处”，而是力求在史实上考订准确。有些问题难以下结论，只好暂时存疑，同时在正文或注解中指出疑点所在。
       二、引用材料尽可能保持原文，不改译成现代汉语——尽管这样做对某些读者更方便，但史学工作者和有一定文化素养的文史爱好者大抵是喜欢看到史籍原文的。凡属本书作者认为是后人托名伪造的文献一概摒弃不用，如明末遗民刘彬的《晋王李定国传》之类。
       三、南明史事头绪纷杂，本书既不能写成通鉴体，又不能写成纪事本末体，为方便计大致按照时间顺序就问题分章节叙述，章节间尽量互相照应。
       四、在时间上年份一般注明相应的公历，月日一律用旧历，以便于查对引用书目。
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