嘉靖三十六年的秋天，居正从江陵入京，再投入政治的漩涡。这一次他的出山，多分是因为不甘寂寞。整个的政治局面，丝毫没有改进，世宗还是一意修玄，严嵩还是大权在握，徐阶还是精心结撰青词，不动声色。新起的政治势力还有严世蕃——严嵩的儿子。严嵩老了，逐日要到西内伺候世宗，一切的官员，要和他接洽政务的，他都吩咐和他的“小儿东楼”商量。东楼是世蕃的别号，父亲对人称呼儿子的别号，在当时是一件诧异的事。世蕃从太常卿升工部左侍郎；这是一个名义，事实上，他是严嵩的代表。当时的政治社会里，严嵩是“大丞相”，世蕃是“小丞相”。
       在这个时期里，对外的方面，还是没有办法。俺答不断地向北京外围——古北口、通州、蓟州、大同、宣化——进攻，国家的政治中心，成为他的最后的目标。东南的倭寇，也是不断地进犯。他们没有远大的计划，但是全国富庶之区，长时期受到他们的蹂躏。内政方面，当然也谈不上什么地方治安。居正回到翰林院以后，曾经说起：
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