万历六年六月居正回京以后，这是大功告成的时期了。内阁方面，七月吕调阳致仕，十月马自强病卒，只剩居正和张四维、申时行三人；四维、时行一切唯唯听命，大权只在居正手中。六部方面，五年十月吏部尚书张瀚免职，王国光继任，六年六月户部尚书殷正茂致仕，张学颜继任；六年六月礼部尚书马自强入阁，潘晟继任；五年十月兵部尚书王崇古致仕，方逢时继任；五年八月刑部尚书刘应节致仕，吴百朋继任；六年五月百朋病卒，严清继任；五年十一月工部尚书郭朝宾致仕，李幼孜继任。都察院方面，五年十月左都御史陈瓒病免，陈炌继任。六部和都察院的首长，除了严清以外，都和居正有私人关系，在这个局面之下，政治方面的发展，当然不会有任何的障碍。
       第一件要实行的，还是清丈的事，这是一件有关当时国计民生的大事，自从五年提议以后，到六年才实行，又因为原案有限三载竣事的规定，清丈的大事，在不慌不忙的状态中继续前进；大家对于实行开始的时间，反而有些茫昧了。居正死后，敬修作《文忠公行实》 ......

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