从那以后，傅青主继续在民间行医，同时著书立说，直到四十九岁的时候，发生了著名的“朱衣道人案”，所谓朱衣道人就是傅青主的别号，傅青主因此被捕入狱。
       事情发生的起因是这样的，当时在南方还有南明永历政权，从事反清运动（后来被吴三桂给镇压了），永历政府派了一个叫宋谦的人到山西来组织起义，此人来到山西后，广泛联系山西反清人士，准备伺机起义，宋谦曾经前来见过傅青主。
       本来宋谦和各界人士约好在三月十五日起义，但他在三月十二日路过武安县的时候，有个捕头发现宋谦骑着骡马，并随身带着弓箭，形迹可疑，就报告了县衙，结果县衙派兵丁在十三日凌晨将宋谦抓获，在严刑拷打下，宋谦变节，供出了起义的一些组织者，这其中就有傅青主的名字，于是河南巡抚（此事发生在晋冀豫交界）上报朝廷，不久，朝廷下令，将宋濂正法（这是个很愚蠢的命令），捉拿其他人等。
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