這本近四十萬言的丁曰健「治台必告錄」，原書現藏台灣大學圖書館，系清同治丁卯（六年、即一八六七年）鐫梓。全書分為八卷，前五卷（一～五）是著者編輯別人的文字，後三卷（六～八）才是著者自己的言論。因此，前一部分必然會與別的文獻叢刊形成重複（例如卷一「鹿洲文集」三十二篇與卷二「東溟文集」十二篇及「東槎紀略」三篇，與文獻叢刊第一二種的藍鼎元「東征集」及第七種的姚瑩「東槎紀略」，顯多雷同）。對於這一問題，我們經過慎重的考慮，仍予全部刊出。理由是丁曰健的「治台必告錄」為一重要文獻，自成體系，我們不宜於任意割裂；而且重複部分，也有互相參照的價值。此外，還有一點，也得交代。即標點分段，見仁見智；同一文字，各人的看法不同，標點分段亦自不同。我們為了尊重各人的看法，不作硬性的統一。
       原書的目錄，本來是每卷獨立的。我們分裝四冊，乃於每冊的卷首列一目錄；同時，又在第一冊的卷首加一總目，以利檢索。
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