胡适的《说儒》（一九三四年五月十九日脱稿），是他重要的研究成果之一。在这篇文章的写作过程里，作为学生的傅斯年，尝与胡适屡屡交流对于中国古代史的看法（《傅斯年对胡适文史观点的影响》，王森著，《汉学研究》，第十四卷第一期，一九九六年六月），可以说，傅斯年是胡适完成这篇大文章的“烟士披里纯”（inspiration）。然而，就像胡适受益于傅斯年一般，傅斯年自己的学术事业，也有得到后生晚辈襄助以成的地方。以傅斯年一度耕耘过的明史领域而言，以研治这段历史而闻名于世的吴晗，就曾给予他相当的助力；相对的，吴晗学术事业的发展，与傅斯年也有密切的关系。可以说，在学术的领域里，傅斯年和吴晗曾经是志同道合的“战友”。回顾傅、吴这段的交谊故实，足可展现中国现代知识分子社群往来相涉的独特面向。
吴晗学术事业的开展，首先完全得力于胡适的提携支持。从一九三一年九月起，吴晗踏进“水木清华、软红不起”的清华校园，就此走上一条新路，并被编织进以胡适为核心而结合起来的学术人际网络里。当时傅斯年亦身处北京，和胡适往来密切。这样看来，傅、吴初识，可能也正是在这个时分。
在清华大学开展学术道路之初，吴晗便在胡适的引导与助益下，择定明史为专业研究领域；他涉读明代史籍的心得，亦屡屡向胡适恺恺论之。当吴晗深入历史（特别是明史）研究领域后，很快就崭露头角，深受学界瞩目。例如，他的《〈金瓶梅〉的著作时代及其社会背景》，就颇受胡适的赞辞。在胡适的提携期许之下，吴晗好似明史研究领域的一颗新星，缓缓而升。
当时傅斯年主持“史语所”，于招募学术新血时专取“拔尖主义”，“凡北大历史系毕业成绩较优者”，傅斯年“必网罗以去”；不是北大出身的吴晗，则也是他“拔尖”的对象。当吴晗在一九三四年夏从清华毕业戴上方帽子的时候，胡适便在鼓励学生自身应该格外努力厚植自身“真实的学问与训练”的文脉里，举了傅斯年“拔尖”的例子：说他在暑假前几个月就和清华大学“抢”一个清华史学系将毕业的高材生。显然，这位“高材生”正是吴晗。
不过，可能是家庭经济因素，吴晗未应史语所之聘，而自一九三四年秋天起，留在清华史学系任教，开讲明史，并协助系主任蒋廷黻指导高年级与研究生有关清代制度及内政问题的研究。从社会脉动的角度言之，吴晗生命道路的变化，具体展现了胡适或是傅斯年这样的学界领袖，如何藉由他们的学术地位与人脉资源，拔擢学术后进，灌注学术新血，搭建起社会流动的渠道，具体而微地改变了许多边缘知识分子的生命道路，使他们有向上跃升的可能。
从一九三四年开始，吴晗的生命开展新局，从学生而跃登上庠讲坛。与此同时，他的史学实践天地，也是鸿图大展：他个人持续向明史研究领域奋力以进，在宽广的史学园地里，更有志同道合的战友并肩同行，身为史界前辈的傅斯年，也位居其列。
傅斯年对明代史事始终兴趣浓厚，下过不少功夫。史语所整理《明清档案》及校刊《明实录》的初期擘划工作上，傅斯年用力尤多；一九三三年李晋华进入史语所任一组助理员，以治明史为专业，便由傅斯年指导。一九三九年夏天，傅斯年亦拟与郑天挺合编《明书三十志》，却未可竣事。可以说，傅斯年和吴晗之间，在“和尚王朝”明史研究的这方天地里，有共同的语言。
吴晗与傅斯年在明史领域里的交流，首先主要呈现在关于明成祖生母问题的争论，复为关于朱元璋生命史的书写。双方之间，各皆以阅览史籍所得，涉想所及，彼此倾囊而告，往来切磋，诚可谓史林佳话。
在现代明史研究领域里，关于明成祖的亲生母亲究竟是谁这个问题，应是傅斯年首发其覆。傅斯年于一九三一年在《史语所集刊》发表《明成祖生母记疑》，此后，竟点起阵阵烽火。当傅斯年还只是北大学生的时候，已执教北大还当过历史系主任的老牌史学家朱希祖，对于傅的意见不以为然，着文反驳，笔仗遂起。其实，傅斯年关于这一问题的讨论，不仅是追求历史真相，更可以说具体展现了他如何鉴别各式各样史料的操作型观念。傅斯年对勘核校明世以降记载这个问题的各种官私资料，进而提出不可将史料“一概而论”的意见，认为“后之学者驰骋于官私记载之中，即求断于讳诬二者之间”。因为，“私书不尽失之诬，官书不尽免于讳”，以官方文书和私家记载对勘，或可有求得历史实相的可能。
傅斯年看待处理史料的观念，也是吴晗同意并予力行的。吴晗处理明成祖生母是谁的问题，同样相互对比各种官私史料的记载，论证史事，实和傅斯年的治史风格同拍互应。吴晗为了要论证明成祖的生母实非明太祖朱元璋的元配马皇后，他的取径便是论证“马后无子”，他说《明史·本纪》系本乎已被篡改的《太祖实录》，“不值吾人信任”，即取用了俞本《皇明记事录》、《明史·常遇春传》、《明史·康茂才传》、宋濂《宋文宪公全集》等等，排比考断，论证指出马皇后在“乙未九月乙亥”即朱元璋长子朱标诞生时，人根本不在太平，所以，她不曾为朱元璋生过儿子。
吴晗的论文，等于象征了他也卷入这场论战；他与同在史语所工作并也对此题撰稿立说的李晋华一样，都站在傅斯年这一边，三人遂同成朱希祖批判的对象。因是，为了回应朱希祖的大批判，吴晗致函傅斯年，提供了自己储备的“均未经人道”的“史料弹药”，并提醒可以搜索史料的方向，“或可就地志等书别得一解决之途径也”：
自旧笔记中录出关于妃之记载一条，内《养和轩随笔》及《阳随笔》所载二事，均未经人道，甚可注意。大报恩寺及塔似在南京（因陈氏为江宁人），或可就地志等书别得一解决之途径也。二说虽小异，然均言妃死于非命，史虽言高后若干仁慈之故事，然妒忌或亦不免。在未得更强之确证前，此二说诚亦足广异闻，录上以备采用。
经此一“助”，傅斯年显然提起了想要“回敬”朱希祖的劲头，意欲继续动笔，吴晗就致函傅斯年表示，有意对傅的文章“先睹为快”，他本人也愿意“参战”，打算“草数千言，借以就教于朱君也”。目前皆未得见傅斯年与吴晗此后继续与朱希祖论战之公开文字，却可想见双方就这一问题上声同气求的学术情谊。亦且，两人的治史风格，更颇有同调：在研史求实，解决历史问题的具体过程里，他们都努力于广涉文籍，不分官史私著，无论笔记小说或是地志，尽可能搜罗殆尽；对于这些材料，他们也都放在同等的地位上，同观共察，审慎地互校相核，以求史实。共同的学术兴趣与研究取向，显然是傅斯年与吴晗结缘缔交的重要因素。
一九三七年，吴晗远去云南大学任教。未几，第二次中日战争爆发，傅斯年被迫转徙西南，两人竟得重逢于昆明，论史言学，依旧兴味盎然。当时正是日军疯狂轰炸中国“大后方”的时候，在日军空袭威胁之下，人民的日常生活受到严重影响，“跑警报”、“躲警报”犹如家常便饭；吴晗与傅斯年当然也难逃此“劫”。只是，他俩一起躲避警报的时候，彼此之间依然不忘记谈学问，谈话的重点之一还是明朝史事。两人在空袭无止时分的交流所得，竟更诱发吴晗追索大明帝国与明教因缘的念头，撰成《明教与大明帝国》，讨论明朝建立与明教的关系。双方谈话的范围，广泛之至，也包括了《靖难》的问题，让吴晗在战火无常之际，还有意地翻查相关史料，而后始写信给傅斯年，报告检索史料之所得，以为口说之佐证。炸弹无情，偏偏在这样的岁月里，两人尚且论史而不辍，实可想见双方的相契之深。
傅斯年固然对明史兴趣浓厚，却没有太多的具体业绩，如他曾经打算以明太祖朱元璋为题写一传记，却未能成功。反而是吴晗综合自己研究明史的心得，完成了众所推誉的传世之作：《
朱元璋传》（前身为《明太祖》或名《由僧钵到皇权》，一九四四年出版）。不过，推本溯源，吴晗书写这部书的过程里，则不乏傅斯年的点拨。
吴晗会愿意动笔撰写朱元璋的传记，纯以经济因素，“著书都为稻粱谋”。当他于一九四二年底受邀撰写一部《明太祖传》后，即向傅斯年侃侃而谈对朱元璋这个人的看法：
打算用斯出来辙的《维多利亚女王传》的写法，当做一个“人”去写，──我始终觉得这人晚年害“老人狂”，这一病症遗传给成祖、世宗和思宗。其他各帝多少也有这遗传，不过不大显明。次之，他和周颠和其他和尚鬼混，不但他自己曾经是和尚，和他的岳父这一系统作巫师的怕也有关系，至于他自己的祖先更不用说。
他并拟就了一份写作大纲请傅斯年指教，并要求傅斯年帮忙找一些写作时必须参考的史料。目前还不知道傅斯年对吴晗的写作大纲有什么反应；他对吴晗的要求，则是尽己之能，竟愿意将自己的藏书借给他，充分显示了热络支持之意。吴晗对傅斯年的热情好意，深表谢忱，既表示暂时不需要借阅傅的个人藏书，也对自己基于经济理由而动手撰写这部书“自我解嘲”：
……作此文之唯一目的为吃饭。……写成后希望不至于不通，使一般人能看，至学术上之意义，则固谈不到也。……
傅斯年对《明太祖》这部书有何评价，不得而详；事实上，它是广受学界好评的，如史学家顾颉刚在二十世纪四十年代末期回顾当时中国史学研究的业绩，就评誉此书“叙述生动而翔实”，甚表赞赏。那么，傅斯年对吴晗撰述此书的支持，显然以这样的公评形式得到了另一种回报。
在傅斯年的生命史里，吴晗不是他最重要的朋友，更不能算是他的得意门生。两人的交往因缘，吴晗得为傅斯年青睐有加，首先建立在学术的基础之上：双方对大明帝国之史都有兴趣，两人的治史风格亦堪称同调，而且也就自身览阅史籍所得与涉想所及，相互倾囊以告，共享切磋琢磨之乐，情谊深厚。身为前辈的傅斯年，对吴晗这位后起之秀，一直照拂有加；吴晗也从不掩饰自己遭难遇劫的生命处境，往往向傅斯年倾吐心怀，甚至于平添前辈无数麻烦，傅斯年则总是善意以应。
然而，在四十年代国共斗争的大场景之下，因为生活处境益形困顿，对现实国民党政权渐趋不满等多重因素，大约从一九四三年起，吴晗的政治观念大有改变，他于是年七月加入中国民主政团同盟，便是重要的标志。此后，吴晗积极地参与各式各样把抗争矛头对准国民党政权的政治活动，也屡屡取读马克思主义的作品，世界观逐渐左倾，愈形激进，终而在战后国、共对立的态势中，选择了站在支持共产党的立场上。
相对的，傅斯年向来反共立场坚定，世所同晓。即令他虽然痛斥国民党政府在战争期间未可力行改革的恶劣结果；他对国民党权贵如孔、宋家族的抨击，也不遗余力。例如，傅斯年于一九四七年陆续公开发表《这个样子的宋子文非走开不可》等论著，轰动一时，世称“傅大炮”。然而，傅斯年不会因此而改变了他支持国民党政府的基本立场。对比于傅斯年，吴晗的立场，完全两样。他动辄批判国民党统治是“从以党治国，搞成以特务治国”，控诉国民党查禁期刊等行为是“文化杀戮”，是“一个政权没落前的丧钟”。可以说，在四十年代末期这段“非杨即墨”的岁月里，傅斯年和吴晗彼此之间的政治抉择既大相径庭，双方之间，显然已无可调和了，两人从此恩断情绝。一九四九年以后，吴晗弃学从政，担任北京市副市长的职位，成为厕身“新中国”既成体制的知识分子的一员。远赴台湾的傅斯年，担任台湾大学校长，最后以身殉职，竟然“归骨于田横之岛”。
回顾傅斯年和吴晗的情谊历史，起始于学术相知，终结于政治相异。从这则个案观察，可以想见，学术上的共同爱好，相知相惜，固然是形构中国现代知识分子社群的黏合剂；现实政治抉择的差异，则分解了让知识分子社群长久凝聚结合的可能。傅斯年和吴晗的“战友”情谊，只是学术上的；这等情谊，却不能转化为两人在政治领域里同样能够“相濡以沫”的动力。让人无所逃于天地之间的政治，总是扼杀知识分子情谊犹如参商的根本力量。新世纪的知识分子，能够突破超越这样的困境吗？历史将会给出答案。