根据历史记载，汉族起源于远古北方的华夏部落。春秋时期中国的南方并没有汉族，那时在南方生活着百越、苗蛮等少数民族。
科学家一直对南方汉族的起源感兴趣，他们是否北方汉族移民的后代？如果是，原来遍布南方各省的百越、苗蛮民族哪里去了？如果不是，南方汉族从哪里来？会不会百越等少数民族在长期岁月中逐渐接受了汉文化，被汉化了？今天的南方汉族其实就是百越、苗蛮的后代？
二○○四年，复旦大学现代人类学研究中心由文波、李辉领导的科研组通过对国内十七个不同省区的八百七十一个抽检者的血样进行基因分析，得出结论：今天的南方汉族是北方汉族和南方少数民族共同繁衍的后代。
这个结论似乎太平淡无奇了一点，用得着研究吗？想都能想出南方汉族是北、南民族共同繁衍的后代！
且慢。南方汉族兼有北、南民族血统只是结论的“前半句”。复旦大学基因研究还有“后半句”结论，这“后半句”结论也许会使我们良心感到不安。
先简略解释一下所谓“科学家对血样进行基因分析”到底分析什么。
生物遗传基因由染色体和线粒体携带。人的细胞核内共有二十三对染色体，其中Y染色体比较特殊，它只能由父亲传给儿子（传子不传女），并且在遗传过程中不会出现重组，因此能稳定地记录父系方面的遗传信息。举例来说，如果我们有办法知道宋朝赵匡胤的Y染色体特征，今天科学家通过测定某地区某一个男子（不一定姓赵）的血样，发现他的Y染色体与赵匡胤完全相同，就可以断定他是赵匡胤的后裔。
除Y染色体外，在人体细胞的细胞质中还含有线粒体DNA(mtDNA)，线粒体DNA也很特别，它只能由母亲传给女儿（传女不传男），因此通过分析线粒体DNA基因可以重建母系血缘方面的联系。
史前北方汉族与南方少数民族长期缺少血缘上的联系，双方的Y染色体与线粒体DNA存在差异。南方汉族是双方的混血后代，它的Y染色体、线粒体DNA与北方汉族具有共同点，与南方少数民族也具有共同点。科学家通过基因分析，计算南、北汉族在Y染色体与线粒体DNA上的“相同率”（以百分数表示，为了书写方便，一般以小数表示），可以以此来判断南方汉族是更接近北方汉族的后裔，还是更接近南方少数民族的后裔。
下面我们看看复旦大学对南方各省（北方各省的Y染色体和线粒体的数据都接近1）血样的实际测定结果。
以上数据基本可分为三组。第一组（湖北为代表）Y染色体的相同率很高（平均0.905），线粒体DNA的相同率也很高（平均0.785，接近0.80），与北方汉族差异无几。从基因角度看，湖北人、上海人、安徽人、江苏人算是北方人。
第二组（福建为代表）Y染色体的相同率较高（平均0.80），说明基本是北方汉族男性的后代。线粒体DNA的相同率很低（平均0.224），说明基本是南方少数民族女性的后代。综合两点，福建、云南等省区的居民基本是北方汉族男性与南方少数民族女性婚配的后代。同时表明，迁徙到福建等地的北方汉族中很少有女性移民，以及当地少数民族男性很少传下后代。
第三组（湖南为代表）情况比较正常，这组Y染色体的相同率高于0.5不是太多（平均0.74），说明少数民族男性较多地传下了后代。线粒体DNA的数值达到0.5（平均0.488）。说明该地区居民的母系中，北方汉族女性的数量与南方少数民族女性的数量基本相等。说明北方汉族与当地少数民族均衡婚配，均匀融合。
综合以上三组数据，总的表明在南方汉族形成的过程中，融入南方汉族中的南方少数民族女性远远多于男性，而北方汉族的男性对南方汉族的形成做出了最大的贡献。
二○○四年九月十六日，英国《自然》杂志以《遗传学证据支持汉文化的人口扩张模式》为题，报道了文波、李辉等人的研究成果。该报道称：汉文化的扩散的确伴随着大规模人口迁徙，但这场由北向南的人口迁徙中，占主导地位的是汉族男性。
史书记载，中国历史上存在三次大规模的由北向南的人口迁徙。第一次发生在西晋八王之乱和五胡入华时期，迁徙规模至少九十万，大约相当于南方总人口的六分之一。第二次发生在唐朝“安史之乱”及其后的军阀混战时期，迁徙规模远大于西晋时期。第三次发生在北宋靖康之难（金兵入侵）和南宋蒙古南侵时期，迁徙规模大约五百万。
除此之外，秦末的楚汉战争，东汉的黄巾之乱，元、明、清三代不断向云南、贵州地区的驻军屯田，都有数量不低的人口由北向南迁徙。
从基因学角度看，北方汉族南下与原住民族远缘婚配有利于提升中华民族人口素质，更何况还传播了先进文化。使我们不安的是，伴随着移民进程，绝大多数原住民男性为什么没有后代传下来？发生了什么事？
以福建为例（其他还有云南、广东、广西），福建人血样中的Y染色体与北方汉族Y染色体的相同率高达0.966，福建人几乎全是北方汉族男性的后代。与此同时，福建人线粒体DNA的数值却那么低（0.248），福建汉族绝大多数是少数民族母亲生的。
福州有个古老的民间传说，相传远古时候福州属于“无诸国”，当时福州人都自称“诸人”。唐朝末年中原汉人南下进攻“无诸国”，“无诸国”的男人全部在战争中战死了。而唐朝南下的汉人中没有女性，于是汉人全部娶“无诸国”女人为妻。从那以后，福州男人都叫做“唐补人”（唐朝补充的男人），福州姑娘被称作“诸娘”（无诸国的姑娘），而女人都被称作“诸娘人”。这种对男人、女人的称呼，福州人一直到今天还在使用。
传说虽然不能当史实，但福建历史上确实有个无诸国（不过这个无诸国在汉朝就被灭了）。福建在唐末中原动乱时确实有大量汉人入闽，也可能与当地民族激烈冲突，有可能某些地区土著民族男性全部战死。人类的“幼年期”是很残忍的，人类的大迁徙常常伴随着军事征服与杀戮，其实不仅仅是人类幼年期，即使在今天“成熟期”，人类不也照样很残忍？看一看世界没有一天停止动乱、杀戮、爆炸、轰炸，难道你能够自欺欺人地说，人类到了“成熟期”，真是越变越善良了？
有些原因也能够造成南方少数民族男性很少传下后代。比如中原动乱，有能力（财力）南迁的多为贵族、士族，再不然也是强壮的农民；他们到达南方后，在婚配上比当地土著男性更有优势，南方少数民族女性愿意嫁给他们。移民是非常艰苦的过程，经过千里蛮夷之地长途跋涉，汉族女性由于体弱的缘故纷纷死于迁徙途中，能够到达目的地的不足四分之一。这客观上造成“北男”只能娶“南女”，如果“北男”数量太多，南方少数民族男性肯定无法传下后代。
还有一种可能性，南方土著民族受到北方汉族挤压后，其中的男性居民也开始向南迁徙（无法携带女性），他们可能融入（或参与形成）印支半岛以及南亚的各个民族。他们甚至可能渡海南下，到达菲律宾、夏威夷岛。
这些都只是猜测，南方少数民族男性无法传下后代的真实原因目前并没有被揭晓，学界没有展开对这个课题的讨论与研究。虽然血样分析了，基因测出来了，南方汉族兼有北方汉族和南方少数民族的血统的结论出来了，可是为什么南方少数民族男性极少传下后代？这个谜团并没有被解开。
附注：南方少数民族——百越族与苗蛮族大部分融入汉族后，有少部分部落迁徙到边远山区去，他们发展成为今天的壮族、傣族、布依族、侗族、苗族、瑶族、畲族。