不愿把家人扯进政治
从台北穿过两个隧道往木栅方向，可以看到座落在半山坡上的马英九的家，门口站着个警卫，一路从部长、市长做到党主席，他都住在这一般人眼中的“老公寓”里。马英九极度保护家人，非常不希望政治入侵他的家庭，他三十几岁就在蒋经国身边历练，见识过官场的种种复杂关系，也因此深谙洁身自爱的重要性。
马英九的妻子周美青除了选举时帮他拉票，其他时间都谨守本份，闭口不谈马英九工作上的是非；周美青很珍惜自己在财经专业上的成就，不让自己的专业形象减分，许多朋友都对她的表现相当赞赏。
马英九担任“法务部长”期间，雷厉风行查贿选的行动虽然大快人心，也得罪了不少权势之人，尽管民意调查中，马英九的施政满意度高达88％，但他依旧被调离“法务部”，转任“行政院”政务委员，他感慨万千。当时，大女儿马唯中安慰他：“爸，想开点，其实你已经很幸运了。”
马英九的两个女儿都长得瘦瘦高高，身高有1.72米，“她们的身材比例比我好，这是得到了我太太的遗传，我的比例还不够好。”谈起两个女儿，马英九哈哈大笑地说。马家成员还是“爱乐一族”，马英九会弹吉他，一双女儿练过钢琴、小提琴和中提琴。马唯中从北一女(全称是“台北市立第一女子高级中学”)毕业后，赴哈佛大学就读，这件事给马英九很大的安慰，他惭愧地说，他在女儿身上下的功夫，远不如父亲在自己身上下的功夫，而小女儿马元中赴美读书时，马英九也因忙于市政而无暇送行，私下感到无比内疚。
聊天话题很“枯燥”
平常在家里，马英九给家人的感觉是一点都不帅气，甚至还有点糊里糊涂。他每次跟家人聊天，总是会很“枯燥”地引用工作中听见或看见的例子。例如他在“法务部”担任部长的时候，他总是跟女儿提到毒品的份量、监狱里的生活等。而他在“陆委会”时，话题则变成了上海与台北的距离，或是大陆生活的情况等。同样的话题，他总是一提再提。“女儿要我说点笑话或是玩些脑筋急转弯的题目时，我几乎没答对过。”
马英九对于生活琐事，的确迷糊到了极点。钥匙放在门上忘了取下来，或是下雨时你走在他右边，但他的伞却总是打在左边。晚上回家时经过面包店，马英九会买一些家人喜欢的甜点面包回去。当他知道两个女儿喜欢吃甜食时，每次出国总是买一堆巧克力，却不知道女儿早已经吃腻了。
有一年北一女校庆，邀请马英九到学校演说，让他空前的紧张，因为刚好女儿也是台下的听众，而北一女的学生对于演讲的内容相当挑剔，“若演讲不好，会让女儿丢脸”，当时他一直忐忑不安。
结果演讲那天，台下听众反应热烈，马英九也觉得自己应该说的不错。当天晚上，女儿一回家，第一句话就说：“爸，我为你感到骄傲!”就这么一句话，让身为父亲的马英九快乐了一整天。
马英九赴美访问，在哈佛演讲，演讲结束后，他急着要看看久未谋面的女儿马唯中，幕僚称赞他演讲很棒，他没心情地笑着说：“演讲不重要，女儿最重要!”流露出爱女心切的神态，而马唯中见了父亲，只见她脸上堆着优雅腼腆的笑容，不太跟马英九撒娇，旁人看了直觉得父女两人真像，因为马英九虽然非常想念女儿，却也不轻易显露个人的情感。
热爱跑步和游泳
马英九每天晚上10点左右回到家，批公文需要两个小时，批到眼睛都快睁不开。“做完120次仰卧起坐后，再冲个冷水澡，我的精神又来了，可以和公文再奋斗至少半小时。”马英九强调这是运动带给他的好处。
马英九感觉自己现在还挺年轻的，他开玩笑地说：“每天照镜子时，觉得6块肌肉中有2块是赘肉。”马英九对自己吃的午饭中所含的热量非常在意，工作日他吃的是仅含有600卡路里热量的快餐，马英九说，这是小学三年级女生所需的热量，不会造成身体负担。
马英九热爱跑步，他说：因为在剧烈运动后，个性会变得比较开朗，跑步时，到了某一定时间，大脑就会分泌一种脑内啡，让人产生愉快的感觉。因此，马英九极力主张运动是解决忧郁症、缓解紧张、情绪低潮的最佳方法。近两年，马英九尤其迷恋海湾游泳，甚至比跑步的时间还多。因为游泳比跑步温和，不太会带来运动伤害。“越是四平八稳的运动，就越没有刺激。”马英九还自己发展出一套理论，“最爽的是跑完10公里，再游一公里，这两个结合起来，感觉最爽。因为游泳有使身体变凉的效果，就像在按摩一样，是缓解压力的最佳方法。”
马英九还非常喜欢喝牛奶，几乎是把牛奶当作汤喝。“别人常笑我，这么老了，还没断奶，甚至连出国坐飞机时，别人点酒，我都要点牛奶，空姐个个都十分惊讶。”
工作上有板有眼
马英九给外人的感觉总是温文儒雅，这和他的家庭教育有很大关系。马英九的父亲马鹤凌既是马英九的启蒙者，也是他仕途上的一面镜子，被形容为“马英九的影武者”，父子二人的行事准则是“16个字”：“认清环境、了解自我、慎选目标、力行计划”；处理事务，又有“有原则不乱，有计划不忙，有预算不穷”的“三有三不”经。
马鹤凌从小就要求马英九熟读《
唐诗三百首》、《
古文观止》、《左传》、《
论语》等经史百家，还要求他写一手不输名家的好毛笔字；马英九眼中的父亲，举手投足尽是儒生风范，恪守中国传统道德，却非食古不化，对新思想、新事物仍是宽宏大度地接纳。因此，当连战还有能力和意愿担任国民党主席时，马鹤凌基于心里那份传统礼教思想，出来浇儿子一盆冷水，马英九对此了然于胸，一句怨言也没有。
马英九给人的印象就是一丝不苟、有板有眼。他在“法务部”的同事曾这样的形容：“马部长是一位追求完美的人。小至中英文信函的用语、格式，大至‘法务部’的说帖、白皮书，只要有错误，必会要求马上改动，即使时间非常紧迫。否则别想走出‘法务部’的大门。”到了市政府，马英九依然如此。对马英九来说，他是对历史负责，任何从他手上出去的公文，存盘之后，就成了历史的一部分，所以想到后世的评价，他不得不小心翼翼。