国民党在大陆的最后岁月，白崇禧与蒋介石矛盾重重，互相制约。白时任华中“剿总”司令，拥兵自峙，后又发亥敬电逼蒋下台，试图以此与中共划江而治。然而大势已去的白崇禧最终还是抱着忠君的思想去了台湾，开始了他最后一段的人生。
白崇禧在大陆军事上彻底惨败后，李宗仁到美国治“病”去了。桂系实力已输得精光，何去何从？此时，摆在白崇禧面前的只有两条路：一是像李宗仁那样，移居海外；一是跟随蒋介石逃往台湾。至于选择哪条路，白崇禧犹豫不决，一时还拿不定主意。当程思远问白崇禧与解放军对抗下去，有何把握时，白氏即坦率回答说：“有什么把握，这不过是要对历史有一个交代罢了！”而在此时，蒋介石也来信邀请白到台湾，并允诺去台后“自有重用”，还派专人送金砖到海口，说是发清白崇禧华中部队的军费，以示恩惠。白是不敢贸然去台湾的。如果说在此之前蒋介石对他有所忌惮的话，那是因为他手中还掌握了几十万的军队，如今他只是个“光杆司令”，这点白是再清楚不过了。但是白不知道蒋“邀请”的用意，猜测可能是想让他劝说李宗仁，使得蒋介石重新复职。白崇禧派李品仙先行赴台，名为办理华中军政长官公署和桂林绥靖公署结束事宜，实际是赴台打听政治行情。李品仙赴台后，即致电白崇禧，称蒋介石、陈诚都希望白去台湾，共荷“戡乱救国”之责，这就坚定了白崇禧赴台的信心。1949年12月30日，白在蒋介石函电的催促下，终于从海口飞往台湾。白崇禧的至交、立法委员何遂曾向白氏进言：“上将回台，将必难免一死，应乘机起义，响应共军。”白氏回答：“我自追随蒋公北伐以来，殆逾二十载，既处遇顺境，亦处遇逆境，一生一世历史第一，我必对历史有所交代，生死利害，在所不计，君勿为此喋喋也。”白崇禧赴台是一项轻率的决定，他在过去的二十二年中多次与蒋介石斗争，蒋必欲置之死地而后快。之所以没有立刻对他下手，是因为白还有牵制李宗仁的作用。但白崇禧这一进入台湾后，就再也不能离开台湾了。
白崇禧到台湾不久，又将家眷二十多人从香港接到了台湾，在台南盖了两栋房子，安置大哥、九哥、六弟、二妹等亲属，他自己一家则住在台北松江路127号一幢旧式平房中。
此时的白崇禧还对蒋介石“反攻复国”的幻想存有一线奢望，他自负地认为，蒋介石还要靠他统兵杀回大陆。蒋介石自12月10日离开大陆退往台湾后，即紧锣密鼓地为复任“总统”做准备。他一方面发动国民党中央非常委员会、“监察院”等党政机关向李宗仁施加压力，同时派吴忠信找到白崇禧，要其写信规劝李宗仁。于是白崇禧又与吴忠信联名发了个电报给李宗仁，说明海内外要求“总统”复职，实在有此需要，希望李宗仁答应以“副总统兼特使”名义在美国养病，争取美援，内外相维系，共维国势。1950年1月16日，白又与李品仙等联名给李宗仁发了电报，提出建议，称如须继续在美休养，深恐久旷国务，应请致电中央，自动解除“代总统”职务。李宗仁的态度是既不返台，也不辞职，白崇禧将此电转给蒋介石。3月1日，蒋介石以“国民之公意”为辞，宣布“复行视事，继续行使‘总统’职权”。在蒋介石复职前，白崇禧特致电李宗仁。“望保持缄默，勿表反对”。但李宗仁置之不理，在蒋介石宣布复职的当天下午，即在纽约召开记者招待会，抨击蒋介石的“复职”为“违宪”。为此，白崇禧又奉蒋之命写了一封信给李宗仁，责备其不该唱反调。
李宗仁在美国，蒋介石鞭长莫及，不能治他的罪，白崇禧就不能放过。当年白崇禧几次乘危逼宫，这对蒋来说，是非常难堪的事，蒋对此忌恨不已，但他并没有立即公开处治，而是将白列为头号政治敏感人物，并给其取了个“老妹子”的代号，保密局在白崇禧公馆对面设了个派出所，对白崇禧的一举一动进行严密的监视。敏感的白崇禧马上就知道是怎么回事，于是减少外出活动和与朋友的交往，连打猎、下棋的爱好也自动收束。有一次，白的轿车开出去后，即发现后面跟着一辆吉普车，走了不多久，那辆吉普车抛了锚，白崇禧知道那是一辆盯梢的车，连忙命自己的司机停车，并派侍从人员去告诉那辆车上的人不要着急，慢慢修车，白崇禧自觉停车等他们。奉命监视的特工人员没料到被白崇禧看出了行藏，显得相当尴尬。还有一次，白崇禧跟一班朋友在一家咖啡店喝咖啡，临走时白将另外两桌客人的账也付了。白的朋友对此莫名其妙，白连忙解释说：我看出他们是监视我的人，这个客我应该请。后来这件事传闻开来，那些不速之客承认，那么多人中，确实只有这两桌人是有任务的，白崇禧能一眼看穿，不多不少，真不愧是小诸葛。
蒋介石虽然没有公开处罚白崇禧，却由湖北籍“国大代表”敲山震虎，在“设计委员会”会议上对白崇禧提出弹劾案，主要有两点：（1）军费方面，吞没中行黄金7万多两；吞没汉口中央银行库存370多万两白银。（2）军事责任方面，拥兵不救援徐州，不遵从统帅调兵命令，拥兵自卫。弹劾案要求“追究责任，以明是非，振纪纲而知复兴”。
对此弹劾，白崇禧非常恐惧。不过，蒋介石暂时还不想借此清算他，陈诚也为白崇禧开脱。
1954年“国民大会”一届二次会议上，旧案重提，并有四十多名“国大代表”联名。白崇禧不得不再次以书面答复。最后，“国大”会议决定将此案保留，一场弹劾案才不了了之。
不久，曾任国民党中央宣传部副部长的潘公展在香港《新闻天地》刊登文章，提及当年白崇禧逼宫事。1959年蒋经国在台湾出版《危急存亡之秋》一书，将白崇禧逼宫案原原本本地披露了出来。这样一来，白崇禧再想辩护也不行了。
逼宫案成了白崇禧晚年的最大心病，成了一个挥之不去的梦魇。他想站出来辩护，真是百口莫辩，不出来辩护则又等于默认。白崇禧时刻担心蒋介石一怒之下，清算旧账，拿他开刀。
1952年10月，蒋介石在台湾召开国民党第七次全国代表大会，宣布国民党改造结束，组建中央委员会，同时设立“中央评议委员会”以安置“党国元老”，白崇禧并未能在这两个机构中占一席之地。当然，白崇禧也并不完全是平头百姓，他在台湾还挂着“总统府战略顾问委员会”副主任委员、“国大”代表、“中国回教协会”理事长的头衔，从事一些无关紧要的礼仪性活动。罢免“副总统”李宗仁的职务，就由他主持“国民大会”“处理”。
白崇禧在台湾真正属意的一项职务是“中国回教协会”理事长。“中国回教协会”1938年成立于武昌，由白崇禧担任会长，次年改称理事长。以后这一职务一直由白担任。1955年约旦国王侯赛因访问台北，邀请白崇禧以“中国回教协会”理事长名义访问中东，蒋介石恐其一去不复返，不予批准，并授意“回教协会”改选理事长，白崇禧不得不将担任了二十余年的“中国回教协会”理事长一职辞去。不过他在台北主持修建清真寺，在伊斯兰教事业上还是做了些工作的。
白崇禧在台湾生活17年，除了偶尔参加一些礼仪性活动，很少有事可做。平时在家读书写字，据说白崇禧的书法造诣颇深，但不轻易示人。此外，他还有两大爱好，即下围棋和打猎，藉以打发时光，舒解寂寞。
白崇禧晚年的最后一项工作，就是口述自己的回忆录。从1963年2月开始，台北“中央研究院”近代史研究所先后派出科研人员贾廷诗、马天纲、陈三井、陈存恭等人，访问白崇禧128次，时间持续了近四年，直至1966年11月24日白氏逝世前八天止。贾廷诗等人将白氏口述整理成初稿后，由近代史所所长郭廷以校阅，前71次的访问记录稿并送本人订正，以后部分因白氏突然去世，未经审阅。1980年至1985年，香港《中报》月刊征得白氏家属同意，在该杂志上连载白崇禧回忆录。1984年5月，台北“中央研究院”近代史所将白氏口述回忆录以《白崇禧先生访问记录》为书名，分上下两册公开出版。
白氏回忆录，从自己的家世说起，依次叙述他求学、从军以后几十年亲身经历的大事，对统一广西、北伐战争、反蒋战争、抗日战争及全国解放战争等各个时期重要战役的战略思想、战略方针，进行了分析，总结了作战经验和教训，并对一些重大历史事件提出了自己的看法。白氏回忆录为研究中国近现代史提供了一份重要的参考资料。但是，由于白崇禧所代表的新桂系在北伐后的二十余年间，与蒋介石既合作又对抗的特殊经历，恩恩怨怨纠缠在一起，加上身处台湾特殊环境，因此，白崇禧在口述自己的回忆录时，难免在一些问题上不得不托词辩解，或刻意回避。在当时的环境下，白氏如此做也是可以理解的。
1965年，李宗仁夫妇冲破阻难，抵达北京，受到中共党政军领导人的热烈欢迎和很高的礼遇。
李宗仁的回国，对于在台湾的白崇禧来说，却是致命的一击。李宗仁一回大陆，白崇禧牵制李宗仁的价值消失，蒋介石不再需要白崇禧了，白崇禧也就自身难保了。据说，白崇禧也明白其中的利害关系，曾很痛苦地对身旁的人说：“德邻投共，我今后在台湾，更没有脸见人了。”
事实上，李宗仁回大陆后，蒋介石即迁怒于白崇禧，他命令毛人凤对白氏直接采取制裁行动。毛人凤将这一任务交给谷正文办理。
谷正文奉命后，就积极策划暗杀行动，并确定行动的最高原则是：绝不留下半点痕迹，以免外界怀疑是一起政治谋杀。谷正文收买了白崇禧身边的一位姓杨的副官。不久，这位杨副官报告：“先生去花莲县寿丰半山打猎。”这样，谷正文决定在白崇禧出外打猎时，于山野外杀死他。
谷正文密令侦防组：“暗杀不准用枪。要把一切制造意外死亡的条件搜集起来。”
经过勘查，侦防组发现狩猎区有小型山间铁轨，可使用人力轨道台车登山。白崇禧当时已年逾七十，不会徒步上山，而一定会乘轨道车。
这样，侦防组派人到现场实地勘查后，决定等白崇禧上山时，把握时间破坏途中一木制小桥，等他下山行经桥面时，便会连同轨道车一起坠入五十余米深的峡谷。经过实地演练，他们还找到了螺丝松脱法，能丝毫不留痕迹地使轨道台车“发生意外”。
事发当天，白崇禧等一行人兴致很高地去打猎。10点37分，白崇禧一行人通过预定的谋杀地点后，侦防组的行动人员迅速爬到桥下，将支撑桥面木墩的螺丝钉一一松开，然后，躲入不远处的树丛里，静候白崇禧等人下山。
下午3时许，寂静的山中传来轨道台车的响声，两辆车从高山背面滑出，相距约30米。前面一辆车上坐着林意双乡长父子与一名助理；白崇禧与两名副官坐在后面一辆车上。当第一辆车滑到已经松开了螺丝钉的桥中央时，突然连人带车一起坠入深谷中。说时迟，那时快，就在这千钧一发之际，白崇禧的一名副官用力将白崇禧推出车外，自己则随车跌入深谷。
白崇禧从地上爬起，拍去尘土，他望着谷底下的几具血肉模糊的尸体，再望望四周的山野，似乎明白了什么。事后，谷正文和毛人凤前往蒋介石官邸汇报行动结果，蒋介石并未苛责，只是不无遗憾地对他们说：“再从长计议吧！”
白崇禧经历这次险情后，行动更加谨慎，这使谷正文的暗杀行动很难下手。
白崇禧晚年异常苦闷。在白夫人去世后，为解除烦闷，居然与身边的护士张小姐热恋起来。侦防组了解到这一情况后，决定买通医生下重药，置白崇禧于死地。
一天，谷正文打电话给医生赖少魂询问白崇禧的情况，赖少魂报告说：“白将军不是病，他想补……”
“不管他是买什么，你要发挥自己的专长，蒋总统要你多‘照顾’将军，须以猛药起沉疴，重病得下猛药。”谷正文暗示赖少魂在药的剂量上动手脚，使衰老的白崇禧不胜药力，“补”不起。赖少魂奉命后，立即给白崇禧开了一帖药力很强的药方。白崇禧照方到天生堂中药店买了两大包药回家泡酒。往后数月，白崇禧似乎从药酒中得力，与热恋的张小姐频繁往来。俗话说，“房中之事能杀人”，对白崇禧这样一个年逾古稀的老者来说尤其如此。不多久，白崇禧即油尽灯枯。
1966年12月1日晚，张小姐与往常一样到白宅夜宿。就在这天晚上终于发生了悲剧。第二天早晨，白崇禧的副官发现主人赤身裸体趴卧在床，而张小姐早已离去。这位国民党一级上将，叱咤风云数十年的“小诸葛”，却在失意中不明不白地走了。另有一说法是，白的遗体上呈铜绿色，不像自然死亡；保姆曾看到床头柜上主人晚上喝的药酒杯中尚剩有小半杯药酒，但后来药酒与酒杯都不见了。但白家自觉此事背景复杂，并未追究。