1981年宋楚瑜担任台湾“新闻局长”之后，蒋经国英文秘书一职一时无人接替，只好由宋兼着。可实际上，他很少有时间来履行这一职务，大部分工作落到了担任“秘书室主任”的周应龙身上。而周应龙只是“兼职”，又要高升，给蒋经国找一个新的英文秘书，便成了迫切任务。
蒋经国心目中早已经有了人选，只是不清楚马英九是否愿意。所以周应龙便找到自己的岳父梁孝煌，请他出山去做马鹤凌的工作。此时的马鹤凌在国民党台北市党部担任职务，和梁孝煌的交情不错。马鹤凌又一心想让儿子从政，自然是满心欢喜。
蒋经国几年前就已经认定马英九是个人才，又从他的履历中看到他一贯是优秀学生，同时是蒋经国人才库重点培养的对象。所以，给予马英九的职务并不仅仅只是英文秘书，而是英文秘书兼“总统府”第一局副局长。
“没有缺陷的年轻人”
别看马英九现在身材匀称，体重适当，当年可是个大胖子。马英九的个子很高大，刚从美国回来时，不知是不是在美国吃牛排的缘故，身高体胖，当时的体重竟然高达90多公斤。台前“外交部长”钱复曾要求马英九去减肥，因为他当翻译坐小板凳的时候，因体型过大，一不小心就挤着了蒋经国与外宾之间的茶几。比如他第一天去“总统府”上班，恰好蒋经国会见境外友人。蒋经国和境外友人并排而坐，中间隔着一只茶几。按照惯例，马英九的位置在那只茶几的后面，他所充当的是翻译的角色。
这件事可苦了马英九，以前的英文秘书，包括宋楚瑜在内，个子都不大，也不重，坐在那里没有任何问题。现在马英九坐在那里，差不多将整个空间塞满了，连动一下都没有可能，尤其是那张矮椅子，看上去有点弱不禁风，马英九始终担心，自己如果动作大了点，弄不好便将椅子坐断了。真的那样，可是闹出“幽默笑话”来了。所以，他坐在那里不仅不敢动，而且，还不敢完全将自己身体的重量压在那张椅子上。
想一想自己今后将无数次在这里工作，马英九有些害怕了。可初来乍到，他又不敢将这一问题提出来，即使想提，也不知该找谁提。
没料到蒋经国异常细心，他已经看出了这一点。会见结束，送走境外朋友，蒋经国特意走进来，对正在做收尾工作的马英九说：“怎么样，第一次工作紧张吗？”
马英九摇了摇头，说他并不紧张。蒋经国却和他开玩笑，说你不紧张，我倒是紧张，我担心你把椅子坐断了。
后来蒋经国特别交代秘书室给马英九换一把椅子，并让他们给马英九多留一点活动空间。
马英九给蒋经国当翻译，也曾闹出过“幽默错误”，那是因为蒋经国的浙江口音所致。
有一次，蒋经国接见一名境外友人，此人非常熟悉苏联事务，而蒋经国又曾在苏联多年，苏联可以说是他的第二故乡，对苏联的熟悉程度，不是一般人可比。现在遇到一个熟悉苏联事务的外宾，自然会谈起苏联。蒋经国谈到了苏联加盟共和国阿塞拜疆的首府巴库，他发出这个音的时候，用的是浙江口音的中国话，而马英九对苏联几乎没什么了解。他想当然地以为，既然是首府，自然是什么“宫”之类，比如克里姆林宫、白金汉宫，而浙江话所说的“巴”，又和“白”极其相近，所以，马英九便翻译成“白宫”。
蒋经国不清楚马英九是怎样翻译的，但那个客人知道阿塞拜疆的首府不是“白宫”，却又不明白这个年轻人为什么会翻译成“白宫”，所以有些发愣。
马英九虽然感到外宾的神色有些不对，却也没有深究。直到这个词出现好多次，而他每次都以“白宫”翻译时，都发现外宾的神色有异，才意识到自己翻译错了。
那种情形是非常窘迫的，一般人或许会想办法蒙混过关，比如再遇到要翻译“巴库”的时候，干脆仅以首府代替，含混过去了事。可马英九非常认真，知道自己工作出错之后，内心极其不安。他找了个机会，将此事向蒋经国核实了一遍，并且告诉他，自己有可能翻译错了。蒋经国很耐心地对他解释了一番，才让他明白过来。
这件事，如果换一个人，很可能成为一大败绩，最终影响到整个政治生涯。但蒋经国自然很快知道马英九犯了一个大错，同时他对马英九知错立即改正的勇气，极为欣赏。结果坏事变成了好事，使得马英九在蒋经国面前赚足了印象分。后来蒋经国夸他，是“没有缺陷的年轻人”。
马英九和蒋经国
是纯粹工作关系
从留学归来，到蒋经国逝世，马英九在蒋经国身边工作了将近七年时间。
马英九不是那种在政治上广结善缘的人。就算他有那么多机会可以讨好蒋经国，以求蒋经国在政治上提拔他。可实际上他并没有在这上面花很多的情感工夫，只是一心一意将自己分内的工作做好，务必事事精到。马英九和蒋经国的关系，可以说是一种纯粹的工作关系。
在这方面，马英九不知是受到高人指点，还是性格使然。正如台湾媒体评价他的，他就是那种“不粘锅”性格。所谓“不粘锅”，指的便是他在政治上不拉派不结帮，我行我素。只要是对的，无论是谁，他都支持；只要是不符合他的观点的，他也会提出意见；如果对方是明显错误或者是在使阴谋，他知道之后，也会以自己的方式提出批评。平常在蒋经国身边工作，除了勤奋，就是认真。凡是分内的事，他一丝不苟，不该他知道的事，他也从不打听从不过问，更不会替人说情等。
有时候，蒋经国会问他：“英九，有什么事吗？”他便知道，这是蒋经国想听一听他的想法的时候，也可以说是蒋经国的一种工作方法。像蒋经国这种人，高高在上，听到下层意见不那么容易，许多事都是从身边人那里了解的。正因为如此，便有一些谄媚之辈趁此机会打击他人抬高自己。蒋经国身边这样的人自然也不会少，他听到类似的话，也一定很多。有些他听进去了，结果在处理某些事情的时候，导致了错误，事后即使意识到，想改也已经晚了。有些事，他想调查取证，可下面的人都有各种关系，调查也不容易。因此，对于身边人，他不能不有一种特别的警惕，却又不能离开这些人。尤其是他晚年的时候，只能坐在轮椅上理政，就更加少不了这些身边人了。
据蒋经国的儿子蒋孝勇回忆说，到了晚年，蒋经国已经没有几个信任的人，因为那些人对他所说的话，大多带有强烈的个人目的，许多话是不能信的。马英九是难得的一个大好人，一个肯对他说真话的人。虽然马英九没有想方设法让蒋经国对自己产生一种亲子般的感情，蒋经国却非常喜欢这个年轻人。
蒋经国评价马英九说：这是一个“没有缺陷的年轻人”——人是不可能没有缺陷的，但对蒋经国这样一个浸淫官场大半生，处于权力高峰几十年，又处于人生终点的垂暮老人来说，他所指的缺陷，应该说是大缺陷，而不是小缺点。
日后，马英九的支持者拿这句话说事，以此告诉人们蒋经国对他的评价之高。而马英九的反对者同样以此说事，要让人们相信，他的没有缺陷正是他最大的缺陷。
公说公有理，婆说婆有理。不过对于普通民众来说，大概更希望选择一个像马英九这样看上去没有缺陷的官员，而不愿选一个像陈水扁那样全身都是缺陷的官员吧。
超速升迁
1984年，蒋经国对班子进行了一次大调整。这次调整的一个大基调，谁都看得出来，那就是本土化和年轻化。但另一方面，这次调整，对于整个台湾的未来，可以说举足轻重，关系深远。
正是这次调整，推出了台湾两个引人注目的人物，李登辉和马英九——李登辉成了接班人，担任了“副总统”；马英九平步青云，担任国民党中央党部副秘书长。
马英九被提拔为国民党副秘书长，当时党内的阻力非常之大。
在国民党内，最高职权当然是党主席，其次则是中常委，再后是中央党部秘书长。因为秘书长本身就是中常委，通常不太可能负责与秘书长相关的事务，副秘书长自然就实际行使秘书长职责，这就使得副秘书长实际成了中常委下面的第一人。这一职务使得马英九一下子在国民党内超越了很多人。而以台湾党政比较，党主席和“政府总统”是同一人，这一人之下，党的第二重要人物，便是中央党部秘书长，“政府”的第二实权人物是“行政院长”。这两个职位，在理论上是平级的。中央党部副秘书长一职，则相当于“政府”的“行政院副院长”。
马英九只不过当了几年“总统府”副局长及蒋经国的英文秘书，便立即被提拔到“副院长级”，没有丝毫政绩却一下子超越了很多人，几乎有了问鼎之势，无论是国民党内部的元老派还是中生代，心里都不会平衡。这种超速升迁，真正是坐直升飞机。
从幕后走向台前
1988年7月18日凌晨2点，马英九在美国被长途电话叫醒，话筒的那一端，当时的“行政院长”俞国华坚定而沉稳地抛下一句：“你来接研考会！”
俞国华一通电话，立刻要马英九接手“研考会”工作，尽管有人为他叫屈，认为以他国民党中央委员会副秘书长的身份，应可担任更重要的职务才对，但马英九对这一点倒没有太大的感受，不感到委屈，也不觉得占便宜。
直到人事行政命令正式颁布之后，马英九从“行政院新任内阁首长简历”上发现，俞内阁的名单除吴伯雄49岁外，其余全部都在50岁以上，只有他以38岁之龄上榜，成为最年轻的“部会首长”，马英九才真正感到面临新的挑战。
马英九在“总统府”做事多居幕后，民众对他的印象只有“总统”接见外宾时他当翻译的一幕。而国民党中央委员会副秘书长任上，他负责政党“外交”，与外国人周旋的时间远多于与国内记者的接触。此次内阁改组，他是唯一从党务系统调到行政系统的一位，势必因而由幕后走向台前，发挥出真正的实力。
马英九没有令人失望，他一登上政治舞台，就立刻放出光芒。
1988年10月21日，“立法院”进行施政总质询，会场出现了难得一见的政治对话，口才一流的马英九在答询时，一改过去官员老是挨骂受辱、怒火中烧的表情，而以坚强有力、平静理性的词锋，反驳民进党籍“立委”黄煌雄强烈的质询，结果引起了一场风波。
当时，黄煌雄以政治中国、文化中国等概念，要求“政府”承认目前海峡两岸各自“主权独立”的现况，进而废止侨选“中央民代”。
“行政院秘书长”钱纯临时征召“研考会主委”马英九上台答复。
从大学时代就频频在演讲台、辩论台上磨练的马英九，一上台即以胸有成竹的神情精辟分析台湾当局文化中国理念，由于讲得实在太好，每说一段就掀起一阵掌声，前后四度获得台下资深“委员”的喝彩，许多一向口才不灵光的“老委员”，宛如有人替他们出气般地欣喜不已。
一向只等着看官员出丑的民进党“立委”王聪松和黄煌雄见状当然不爽，就分别以权宜问题指责马英九态度“嚣张”，发言犹如在替“行政院”作政策宣示，而非答询。
此话一出，原本听马英九发言听得很爽的资深“立委”李荷立刻冒火了，遂与王聪松拍桌对骂，后经现场的“立法院”代主席刘阔才连敲三下议事槌，才平息这场风波。
这场初试啼声的“立法院”质询大戏，不仅树立了“部会首长”与“立法委员”政策辩论的良好模式，也为马英九能言善辩作了最精彩的展示。
这个时期，马英九一改过去长期不太接受媒体记者采访的风格，而是主动出击。《中时晚报》社长林圣芬曾问马英九：“何以一向谨言慎行，突然那么勤于曝光。”马英九回答说：“我现在做的是推销的工作，由于‘国会’充实方案从研议定案到推动执行，我奉命参与其事，为求方案的完美可行，职责上我不能不把握每一个机会，去听取各方的高见，以及争取国民的了解与支持。”
林圣芬指出，马英九个性中自有一番执著，一番面对事情全力以赴的狂热与执著。林氏此言可谓一针见血。
新上任“研考会主委”的马英九，接手不到一个月，即开始参与筹备大陆工作会报，并出任大陆工作会报执行秘书。
马英九虽然名为“研考会主委”，但是依其从事大陆工作的分量来看，两岸事务几乎是所有工作的重心。在参与工作的两年时间内，曾经在他手上完成了一些重要的大陆政策。在“陆委会”成立前，马英九做了大量工作。
从历史的角度看，谈及大陆政策，马英九在“俞揆”（俞国华）任内是“立法院”答询“代打”的健将；即使是在“李揆”（李焕）任内，马英九也是当仁不让的好手。
光环辉耀
马英九在“研考会”的阶段，历经三任“行政院长”。1978年蒋经国掌舵时代，“行政院长”原是孙运璇；到了1984年蒋经国当选连任时，孙运璇却因脑溢血而将“行政院长”一职拱手让给了俞国华。1989年李登辉时代，“行政院长”是李焕；1990年起，“内阁”改组，“行政院长”是郝柏村。
在这三任“行政院长”麾下，马英九的“研考会”业务虽与民众较无直接关系，表现机会并不多，但在各大报制作的“增额立委对内阁整体评价”的成绩单内，专业学养、施政绩效、政治担当、领导协调、未来行情、政策开创力答询表现等，马英九的得分均名列前茅，这证明他在“立法院”的表现给人的印象极好。
在另一方面，马英九英俊潇洒及幽默风趣的特质，由于他的曝光率日渐增高而备受注意。固然过去他在担任蒋经国英文秘书时，外界即有“层峰红秘书、御前美男子”的美誉，但真正打开知名度，使得一般年轻民众及妇女同胞欣赏，还是在蒋经国死后，他的职位变动、不再隐身于幕后之时，也许因过去“内敛”过久，“研考会”时放出的光环，确是令人耳目一新。
不论各报所做的专题探讨与“国事”座谈，马英九在“研考会”任内，几乎都不再推却，因而他的口才不仅于“立法院”内答询可以被肯定，即使在媒体上的表现也极受认同。
马英九的频频曝光，一方面是他已不再是幕僚人员，许多工作必需的发言、政策有待民众了解，是使他勇于接受采访的主因。另一方面，当然也得自于“行政院长”李焕的鼓励。
李焕在当时表示，现在这个时代，是要扩大沟通的时代，为政不应再如传统保守的“不多言”，有时应该要多言，让民众了解“政府”的施政。
由于讲话对象是读者、观众、老百姓，马英九自然打开了知名度，成为被评头论足的对象，谁教他是个公众人物！
兼差大王
1990年是马英九最忙的一年，原本在两年前接管大陆工作会报执行秘书，他就开始“立足台湾，胸怀大陆”，大陆事务的敏感性与安全性，使他的工作负荷量随着服务对象由2300万人延伸到13亿人。这一年自然成为他从事行政工作最忙的一年。
没人真正清楚马英九到底兼了多少职务，“研考会”主委、“陆委会”主委（当时尚未正式任命）、“宪改会”首席幕僚、“国统会”研究委员、“海峡交流基金会”监事、“国是会议”筹备会副秘书长……恐怕他的秘书也算不清楚。
“乖乖牌”马英九对上级交付的工作，一向不打折扣，全力以赴，干劲十足，应是上层找他做事的主要原因。
同年3月，“行政院长”李焕还提出“中央民代”赴大陆考察及省级虚级化的构想，交给“研考会”规划研究。不仅如此，一些临时性的任务又不断加在他的身上。例如那时为了抗议老“国代”扩权牟利，爆发了台湾四十年来最大规模的学生运动“三月学潮”，连到中正纪念堂现场探视静坐的学生，亦由马英九出马。
那时，“研考会”也负责开放赛马的研究。马英九幽默地说：“我除了姓马以外，实在跟赛马扯不上任何关系。”他大概也很奇怪，为什么那么多“长官”喜欢有事没事就找他“出马”！
那时候，马英九曾经算过，自己曾有一天开会11小时，合计工作14小时的纪录，平时上班也都超过12小时以上。
不过，在这种情形下，马英九仍以过人精力挑起重责大任，靠清晰思路处理繁忙事务，不愧为超级公务员。
“国家统一纲领”从无到有，马英九虽仅是研究委员，贡献心力却不容忽视。海峡交流基金会的规划、人力的选定，以至于开始运作，这个兼具官方性质的两岸中介团体的成立，马英九也有运筹帷幄之功。
到了这种境地，过去被抨击为“搭直升机上来的”，至此则又被称是“搭公车的”——底盘宽大，稳健又踏实。