祝氏根据《内经》“正气存内，邪不可干”的理论，认为慢性久病、重病在发病上以虚为本，治疗以扶正为主，尤为重视脾肾两脏对人体生理病理的重要作用。尝谓：“脾为后天之本，气血生化之源，血之统在脾；肾为先天之本，元阴元阳之宅，气之根在肾。脾肾两脏与其他脏腑之间相互滋生和影响，若脾肾有病，不但本脏受累，而且很容易影响到其他脏腑；反之，其他脏腑气血虚衰，也必累及脾肾。当慢性疾病发展至五脏受损，证情纷繁，治疗棘手之际，惟有培补脾肾一途，其他症状则迎刃而解。”这与清代医家吴谦“凡病久虚不愈，诸药不效者，惟有益胃补肾两途”的见解是一致的。如祝氏治疗气阴两虚型糖尿病，常常重用生黄芪、苍术健脾益气，敛脾精；重用生地、元参滋阴补肾，固肾精，立足于培补脾肾之本，则燥热消渴自除。
       祝氏融会了李东垣、张景岳等研究脾肾学说的理论，在论述脾肾的生理病理时说：“内伤杂病因于 ......

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