在清帝国军队能够开进新疆以前，他们必须先打败陕西和甘肃的回民。1867年当阿古柏伯克在新疆建立他的汗国的时候，左宗棠还在征募新湘军（楚军），在为打败中国本部的东干人而筹措军费和安排交通运输事项。陕甘之役花了他差不多七年时间（1867—1873年），而他的部队参加新疆的实际战斗只不过用了两年时间（1876—1877年）——不算漫长的准备时间在内。
       左宗棠在1867年7月到达陕西以后，他又不得不为了捻军之战而离开陕西十个月。在此期间，左宗棠的助手刘典作为钦命陕甘军务大臣，已清除了从甘肃折返的陕西南部回民叛乱分子。陕西回民现在在董志原筑垒自固，此地是甘肃东南部的一片肥沃平原，他们的“十八大营”从这里继续派人马四出侵扰。与此同时，在它的北边一些地方，新教领袖马化龙自从1866年投降清朝以来，已把金积堡建设成为经济和军事基地。马化龙的徒众包括长期在甘肃和内蒙包头之间做买卖的回民商人，他们做买卖时使用商队驿道以及向东航行到河套的皮 ......

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